Elle constitue la principale cause d’extinction des espèces dans le monde. La fragmentation se manifeste lorsqu’un écosystème de large étendue est transformé par action humaine en de nombreux fragments, de taille réduite, isolés spatialement.

Harris et Silva-Loppez ont défini cinq principaux types de fragmentation : la fragmentation régressive, la fragmentation enveloppante, la fragmentation divisante, la fragmentation interne et la fragmentation par empiètement.

Les populations d’espèces isolées géographiquement sont plus vulnérables que les autres et soumises à l’impact de la stochasticité environnementale. Les variations des caractéristiques de l’environnement peuvent en effet menacer leur équilibre, voire leur survie.

Les processus qui menacent les espèces sont exposés ci-dessous. Ces derniers peuvent être classés en deux catégories : les processus exogènes (indépendants de la biologie de l’espèce) et les processus endogènes (dépendants de la biologie de l’espèce).

La fragmentation des habitats est un processus dynamique dont les effets varient selon les espèces, les types de paysages, les échelles spatiales et les régions géographiques. Elle conduit à l’isolement des populations et à la réduction de leur taille.

La lisière correspond à la zone de transition entre deux ou plusieurs biocénoses. Généralement, l’un de ces milieux est une forêt et l’autre peut être par exemple une prairie, une clairière… La lisière présente des conditions climatique et écologique particulière.

La demande en bois est en pleine croissance en France. Pour satisfaire cette demande, notre pays importe de plus en plus de bois tropical. La France serait ainsi le premier importateur européen de bois tropical d’Afrique centrale selon le WWF.

La déforestation est le phénomène de régression des surfaces couvertes de forêt. Elle résulte des actions de déboisement puis de défrichement, liées à l'extension des terres agricoles, d'une exploitation excessive de certaines essences forestières et de l'urbanisation.

Les zones humides constituent un patrimoine naturel exceptionnel, de par la richesse biologique qu’elles abritent et les fonctions naturelles qu’elles remplissent. Mais ces dernières sont menacées du fait des activités humaines, les deux tiers ont déjà disparu de France au cours du siècle dernier.