Afin de concilier au mieux la préservation de la biodiversité et la poursuite des activités de pleine nature, il est nécessaire de canaliser les flux de fréquentation liés aux activités de plein air sur des itinéraires adaptés afin de ne pas générer des dégradation des espaces naturels et des dérangements d’espèces.

Pour contrer l'extinction des abeilles, le Ministère de l’Ecologie va semer au cours du printemps 2010 des espèces végétales mellifères sur plus de 250 km d’accotements routiers afin d’offrir aux abeilles de nouvelles ressources florales pour leur alimentation.

Les arbres morts sont considérés comme sans intérêt par de nombreuses personnes. Les propriétaires de forêts sont défavorables car ils y voient une perte financière ou encore un risque de sécurité. Quant au public, l’aspect péjoratif du bois mort est expliqué par une sensation de désordre.

Le petit patrimoine bâti représente des zones importantes pour la faune. En effet, ils peuvent constituer une zone refuge, une zone d’alimentation ou encore une zone de nidification pour l’avifaune. La réparation et la rénovation des habitations et des ouvrages d’art engendrent souvent des dérangements irréversibles pour les populations.

Les mares temporaires et les milieux stagnants constituent des ressources naturelles primordiales pour le maintien de la biodiversité. Comme tous les milieux humides littoraux, elles sont des habitats en régression, menacés par les activités humaines.

Les embâcles provoquent de nombreux effets bénéfiques sur le fonctionnement du milieu aquatique mais on dénombre également un certain nombre de perturbations, si bien qu’il n’est pas toujours évident de déterminer si ils doivent être laissés ou enlevés.

La coexistence dans une même région de nombreuses espèces de la faune est grandement favorisée par une structure paysagère en mosaïque où alternent différents milieux, tels que les milieux ouverts, c’est-à-dire non arborés, et fermés, c’est-à-dire arborés.

Les voies de communication sont responsables d'un effet de barrière, de collisions et provoquent une interruption des corridors écologiques. Les passages à faune sont ainsi mis en place pour atténuer ces effets et permettre à la faune de franchir plus aisément l'obstacle.

La mise en place de multiples ouvrages sur les cours d'eau est responsable d'une régression de la distribution des poissons. Ces ouvrages constituent des entraves à la libre circulation des poissons. Des passes à poissons sont ainsi mis en place pour atténuer ce phénomène et permettre aux poissons migrateurs de passer.

Le bocage est un réseau de haies et de talus plus ou moins connectés, il assure la liaison de milieux. C'est un élément structurant du paysage dont le rôle est reconnu pour réguler les eaux de ruissellement, limiter l'érosion et maintenir la biodiversité dans les zones de culture.